香港特區政府除了由政府部門執行政策外，還有不少公營機構，負責政府認為較需要社會人士參與的工作。這些機構由特區政府出資成立及資助，但不屬於政府體制，較政府部門有較多的自主權，如管理全香港所有公立醫院的醫院管理局、協助香港工業發展的香港生產力促進局等。
其餘原隸屬布政司署的決策科或資源科（如：布政司署運輸科、布政司署保安科等）均改稱決策局或資源局（運輸局、保安局）
財經事務及庫務局局長在「香港金融產業助力內地企業揚帆出海」交流午餐會致辭全文（只有中文）（附圖）
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明萬曆元年東莞縣分拆新安縣以後(除清初遷界時期外)，今香港全境受位於今深圳南頭的廣東新安縣延福鄉管轄。
第三層是部門，是政府政策的執行部門，由首長級公務員領導，例如衞生署、警務處、社會福利署、建築署等。
行政長官是香港政府的政府首腦，負責領導香港特別行政區政府，此職位成立於一九九七年，大致代替香港總督的職權。轄下由三層架構組成：
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在中英聯合聲明中予以闡明。根據中華人民共和國憲法,全國人民代表大會特制定基本中華人民共和國
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香港特別行政區公務員事務局薪級表 （页面存档备份，存于互联网档案馆）
其餘原隸屬布政司署的決策科（如：布政司署運輸科、布政司署保全科等）均改稱局（運輸局、保全局）；其首長由司（運輸司、保全司）改稱局長（運輸局局長、保全局局長）
特區政府已設立不同渠道方便市民提出意見，市民可從專題網站或多個指定地點索閱諮詢文件，出席諮詢活動，或用電郵或郵寄提交意見。市民的聲音直接影響特區政府政策方向，這是香港市民參與社會事務的最佳體驗。市民踴躍反映意見，將有助特區政府更準確掌握民情，制定更貼地的政策。香港的未來，需要特區政府的努力，更需要市民的建言。
香港交接儀式上，港府向中外記者派發的新聞資料時，介紹香港的政治制度是按照「三權分立」的原則建立，有一個「行政主導」的政府，以及「『三權分立』是指行政、立法和司法機關各自獨立運作」。多名立法會議員、特區政府主要官員及法官亦曾明言「香港有三權分立」。
各專業界別的參與亦至關重要。諮詢正是專業界別發揮影響力的時候，專業人士的國際視野與專業知識，能為編制香港五年規劃提供更具前瞻性的建議。同時，五年規劃是每位市民生活的藍圖。房屋供應、交通建設、教育改革、醫療政策，無一不與市民息息相關，都需要專業界別運用知識和經驗提供意見，百川匯流，形成真正屬於香港的五年規劃。
香港特別行政區政府組織圖（繁體 （页面存档备份，存于互联网档案馆）、簡體 （页面存档备份，存于互联网档案馆））